Buenas,
En sistema->importa/exportar, primero exporta un csv con la lista de los productos, para que veas como es la tabla de como estan guardados los productos, haz que tus excel esten en el mismo formato y además que tengan la misma extensión csv, esto es importante porque si no guardas el mismo formato Magento no lo aceptara, luego los puedes importar.
Si el volumen de productos es muy grande te recomiendo usar Magni para que sea más rápido.
Un saludo