Buenas,
A ver, no veo mucho en lo que me enseñas, por decir algo quizás sea parte del propio theme que no haya sub-sub-categorías, raro, pero así a ciegas y de primeras es lo que se me ocurre.
Para ver mejor lo que te ocurre ponme si puedes un link a tú página.
En cuanto al código, bueno, sólo se ve la parte comentada y esa no sirve para ver errores, haz un pantallazo de la segunda mitad que falta y que es donde esta realmente el código que lo pinta.

Un saludo

De todos modos el top.phtm ¿esta dentro de la carpeta del theme?, porque si esta en la carpeta de base o de default puedes descartar que el error este ahí, si esta en la carpeta del theme prueba a cambiarle de nombre (top_prueba.phtml u otro cualquiera), porque entonces cogerá el de default o el de base y podrás probar si el error esta en ese archivo.

Mi web es dicejuegos.com Muchas gracias

voy a probar eso que me dices

Si lo quito se me queda solo flotando el boton de productos 😉

Buenas,
Casí podría asegurarte de que no es un error de código, al menos no del php, porque si que veo algunas categorías escondidas que no se muestran.
Asegurate de que las categorías estan puestas como Activas y con la opción de que se muestren en el menú en "Sí".
Lo siguiente ya sería más complicado ya que si esta bien configurado y viendo que seguramente no sea un error de php sólo queda el javascript, que no añada la clase correctamente o si intenta modificar el css.
También hay Themes que tienen su propia forma de configurar las categorías, pero suelen traer un menú de instrucciones (que ninguno leemos hasta que algo falla) y que puede decir algo al respecto.
Si no has tocado el css y/o el javascript y el Theme es comprado ponte en contacto con ellos. Sino quizás ha sido algún cambio que has echo en las clases que afecta a su funcionamiento.

Ok el codigo de lo que cambie lo puse en el post, voy a ver que puedo hacer muchas gracias

¿te refieres al primer post?, esque no se ve, pero si en el código cambiaste alguna clase o añadiste algúna etiqueta puede que el error sea ese.

Si el codigo es:

<?php
/**
* Magento
*
* NOTICE OF LICENSE
*
* This source file is subject to the Academic Free License (AFL 3.0)
* that is bundled with this package in the file LICENSE_AFL.txt.
* It is also available through the world-wide-web at this URL:
* http://opensource.org/licenses/afl-3.0.php
* If you did not receive a copy of the license and are unable to
* obtain it through the world-wide-web, please send an email
* to license@magentocommerce.com so we can send you a copy immediately.
*
* DISCLAIMER
*
* Do not edit or add to this file if you wish to upgrade Magento to newer
* versions in the future. If you wish to customize Magento for your
* needs please refer to http://www.magentocommerce.com for more information.
*
* @category design
* @package base_default
* @copyright Copyright (c) 2011 Magento Inc. ( http://www.magentocommerce.com )
* @license http://opensource.org/licenses/afl-3.0.php Academic Free License (AFL 3.0)
*/
?>
<?php
/**
* Top menu for store
*
* @see Mage_Catalog_Block_Navigation
*/
?>
<?php
/**
* $this->renderCategoriesMenuHtml() supports optional arguments:
* int Level number for list item class to start from
* string Extra class of outermost list items
* string If specified wraps children list in div with this class
*/
?>
<?php $_menu = $this->renderCategoriesMenuHtml(0,'level-top') ?>
<?php if($_menu): ?>
<div class="nav-container">
<ul id="nav">
<?php echo $_menu ?>
</ul>
<ul id="nav2">
<li class="<?php if (strpos(Mage::helper('core/url')->getCurrentUrl(),'privacy-policy-cookie-restriction-mode') != false ) :?> active<?php endif;?>"><a href="<?php echo $this->getUrl('privacy-policy-cookie-restriction-mode'); ?>"><span>Privacidad</span></a></li>
<li class="<?php if (strpos(Mage::helper('core/url')->getCurrentUrl(),'sobre-nosotros') != false ) :?> active<?php endif;?>"> <a href="<?php echo $this->getUrl('sobre-nosotros'); ?>"><span>Nosotros</span></a></li>
<li class="last <?php if (strpos(Mage::helper('core/url')->getCurrentUrl(),'contacts') != false ) :?> active<?php endif;?>"><a href="<?php echo $this->getUrl('contacts'); ?>"><span>Contactanos</span></a></li>
</ul>
<div class="clear_both"><span></span></div>
</div>
<?php endif ?>