No se si he entendido bien la pregunta, pero dentro del fichero sales.xml del layout de tu plantilla tienes este handle: sales_email_order_items
que es el que se encarga de mostrar la estructura de la información que pides.

muchas gracias por tu rapida respuesta seguire por el camino que me has indicado.

sabeis si hay alguna opcion desde el backend de magento para mostrar esta informacion o tiene que generarse toda desde los ficheros?

La información de los pedidos se genera desde los ficheros de plantilla (Apoyado en los bloques, modelos...) por lo que todo lo tendrás que editar desde allí, no hay nada de eso en el backend.

Buenos dias no consigo solucionar el problema,en los emails no muestra los productos que ha comprado el cliente

{{layout handle="sales_email_order_items" order=$order}}

¿como averiguo donde tengo que localizar el archivo sales.xml y que contenido tiene que tener su funcion sales_email_order_items

El fichero sales.xml estará dentro de tu plantilla, y sino en las plantillas superiores.
Todo dependerá de como esté la estructura de tu plantilla, por ejemplo:

- Si tu plantilla es algo de este estilo: app/design/frontend/default/miplantilla/
El fichero sales.xml será el primero que encuentres dentro de estas carpetas.
app/design/frontend/default/miplantilla/layout
app/design/frontend/default/default/layout
app/design/frontend/base/default/layout

- Si tu plantilla es algo de este estilo: app/design/frontend/mitheme/miplantilla/
El fichero sales.xml será el primero que encuentres dentro de estas carpetas.
app/design/frontend/mitheme/miplantilla/layout
app/design/frontend/mitheme/default/layout
app/design/frontend/base/default/layout

Dentro de ese fichero tienes que buscar:
<sales_email_order_items>
...
</sales_email_order_items>

También tienes que buscar dentro de los ficheros local.xml ya que sobreescriben a todo lo anterior, pero solo en la carpeta de tu plantilla.

Una vez localizado verás algo similar a esto:

<sales_email_order_items>
<block type="sales/order_email_items" name="items" template="email/order/items.phtml">
<action method="addItemRender"><type>default</type><block>sales/order_email_items_order_default</block><template>email/order/items/order/default.phtml</template></action>
<action method="addItemRender"><type>grouped</type><block>sales/order_email_items_order_grouped</block><template>email/order/items/order/default.phtml</template></action>
<block type="sales/order_totals" name="order_totals" template="sales/order/totals.phtml">
<action method="setLabelProperties"><value>colspan="3" align="right" style="padding:3px 9px"</value></action>
<action method="setValueProperties"><value>align="right" style="padding:3px 9px"</value></action>
<block type="tax/sales_order_tax" name="tax" template="tax/order/tax.phtml">
<action method="setIsPlaneMode"><value>1</value></action>
</block>
</block>
</block>
<block type="core/text_list" name="additional.product.info" />
</sales_email_order_items>

Y esto quiere decir que los ficheros .phtml que ves en ese código son los ficheros que se utilizan como plantilla del correo.

primero darte las gracias por el tiempo que te tomas para ayudarnos a los mas noveles, he recorrido todos los archivos y he encontrado los archivos y segun el <sales_email_order_items> el atributo template estan el la ruta especifica pero sigue sin aparecer en el correo y no hay ficheros local.xml en el proyecto, muestra los otros datos, informacion de facturacion,de envio,metodo de pago, y transporte pero no muestra los productos debajo de todo esto,puede ser xk en el apartado de correos transaccionales no este haciendo la llamada correctamente? muchas gracias.

Quizás lo tienes mal en el propio correo, ¿qué codigo tienes en el correo?

// pongo el contenido de la plantilla desde el editor de texto del backend en magento
<style type="text/css">
body,td { color:#2f2f2f; font:11px/1.35em Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; }
</style>

<div style="font:11px/1.35em Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif;">
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" width="98%" style="margin-top:10px; font:11px/1.35em Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; margin-bottom:10px;">
<tr>
<td align="center" valign="top">
<!-- [ header starts here] -->
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" width="650">
<tr>
<td valign="top"><a href="{{store url=""}}"><img src="{{skin url="images/logo_email.gif" _area='frontend'}}" alt="La Jara Regalos" style="margin-bottom:10px;" border="0"/></a></td>
</tr>
</table>
<!-- [ middle starts here] -->
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" width="650">
<tr>
<td valign="top">
<p>
<strong>¡Gracias por tu compra, {{var order.getCustomerName()}}!</strong><br/>
<BR/>
Tu pedido ha sido recibido y está siendo procesado. Tan pronto como esté listo para su expedición nos pondremos en contacto contigo y te enviaremos un correo confirmando el envío del mismo.<br/><BR/>

También puedes comprobar el estado de tu pedido entrando en <a href="{{store url="customer/account/"}}" style="color:#1E7EC8;">tu cuenta</a>.<br/><BR/>

Si has escogido como opción de pago el ingreso bancario o transferencia, sigue estas instrucciones para completar tu compra:<br/>
<ul>
<li>Realiza el ingreso o transferencia a la mayor brevedad para agilizar el proceso.
<li>Indica en el concepto lo siguiente: "WEB Pedido # {{var order.increment_id}}".
<li>Envía enseguida el justificante de pago preferentemente a <a href="mailto:*****" style="color:#1E7EC8;">**</a>, o al fax <span class="nobr"> 957 323 742.</span>

</ul> .<br/><BR/>

Si tienes alguna duda, puedes contactar con nosotros por correo electrónico en <a href="***" style="color:#1E7EC8;">****</a> o en el teléfono<span class="nobr"> 661 800 188.</span>
</p>
<p>A continuación te mostramos la información de tu pedido.</p>

<h3 style="border-bottom:2px solid #eee; font-size:1.05em; padding-bottom:1px; ">Pedido #{{var order.increment_id}} <small>(realizado el {{var order.getCreatedAtFormated('long')}})</small></h3>
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" width="100%">
<thead>
<tr>
<th align="left" width="48.5%" bgcolor="#d9e5ee" style="padding:5px 9px 6px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-bottom:none; line-height:1em;">Información de facturación:</th>
<th width="3%"></th>
<th align="left" width="48.5%" bgcolor="#d9e5ee" style="padding:5px 9px 6px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-bottom:none; line-height:1em;">Forma de pago:</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr>
<td valign="top" style="padding:7px 9px 9px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-top:0; background:#f8f7f5;">
{{var order.getBillingAddress().format('html')}}<br/>
NIF/CIF: {{var order.getCustomerTaxvat()}}
</td>
<td> </td>
<td valign="top" style="padding:7px 9px 9px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-top:0; background:#f8f7f5;">
{{var payment_html}}
</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<br/>
{{depend order.getIsNotVirtual()}}
<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" width="100%">
<thead>
<tr>
<th align="left" width="48.5%" bgcolor="#d9e5ee" style="padding:5px 9px 6px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-bottom:none; line-height:1em;">Información del envío:</th>
<th width="3%">prueba</th>

<th align="left" width="48.5%" bgcolor="#d9e5ee" style="padding:5px 9px 6px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-bottom:none; line-height:1em;">Forma y Gastos de envío:</th>
</tr>
</thead>
<tbody>
<tr>
<td valign="top" style="padding:7px 9px 9px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-top:0; background:#f8f7f5;">
{{var order.getShippingAddress().format('html')}}

</td>
<td> </td>
<td valign="top" style="padding:7px 9px 9px 9px; border:1px solid #bebcb7; border-top:0; background:#f8f7f5;">
{{var order.getShippingDescription()}}

</td>
</tr>
</tbody>
</table>
<br/>
{{/depend}}
{{layout handle="sales_email_order_items" order=$order}}

{{var items_html}}
<br/>
{{var order.getEmailCustomerNote()}}
<p>Atentamente,<br/><strong>Dpto. de Atención al Cliente<br/>*****.</strong></p>
</td>
</tr>
</table>
</td>
</tr>
</table>
</div>

Pues el bloque que se encarga de la plantilla de los productos parece estar bien, es la parte de:
{{layout handle="sales_email_order_items" order=$order}}

Tienes que tener algún error por ejemplo en la codificación de los ficheros o algo que esté pasando.
Revisa los logs por si acaso.

he cambiado de tema en la pagina recientemente ¿puede estar relacionado?

Podría estar... sin verlo en este caso es bastante complicado.

Al parecer fallan todas las referencias los bloques que estan el documento sales.xml

Eso es porque hay algo mal en ese xml, revisa la estructura del xml. Normalmente algun typo o algún tag que no se ha cerrado correctamente.
Si quitas el xml de tu plantilla (por ejemplo renombrando la extensión) para que lea el xml por defecto de la plantilla base, puedes probar si eso soluciona el problema.