Hola Rodrigo,
Parece que te ocurre únicamente cuando hay filtros de por medio.
De todas formas, creo que lo sencillo sería que pusieras que el submenú (el que se despliega) tuviera un z-index más alto que el resto de la página, con eso le indicas al navegador que a mayor es el número, mayor prioridad tiene, por tanto se superpondrá a otros elementos en la página con menor z-index.
Un saludo.