He instalado un módulo que se llama Ship to Pay http://addonspresta.com/en/free-modules/48-ship-to-pay.html que según he entendido en la descripción puede hacer que se puedan restringir los metodos de pago por transportistas, pero no me funciona, es decir guardo los cambios y luego no restringe..
¿Es posible que después configurarlo hayas editado u modificado algún transportista en tu tienda? (Es que al modificar u editar u transportista, prestashop le asigna un nuevo ID, y se pierde la configuración del módulo Ship to Pay y tienes que volver a modificarlo)
Te falto comentar en tu pregunta un detalle muy importante y este es la version de prestashop que estas utilizando ya que el modulo solo es valido para la 1.4 y la 1.5.
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