para llamar un script lo incluyes en tu layout o en tu template.
para poder ayudarte más necesitas explicar mejor lo que quieres: ¿donde? ¿que tiempos? ¿a que se refieren? etc...

Bueno , pues lo que quiero es poner un contador a cada categoría, estas categorías ya les he puesto un atributo que se llama Fin el cual es la fecha de cuando acaba, el problema lo tengo a la hora de aplicar mis conceptos a Magento, tengo que poner un contador para categoría , supongo que cada uno tendría que tener un Id, y esto se haría desde el phtml y despues tengo que tener un js que vaya recorriendo los diferentes Id de cada uno de los contadores( podría ponerle el id de la categoría) y vaya realizando la cuenta atrás, este js se cargara en un evento onload supongo , la cosa es que no se como pasarle los id de los contadores que tiene que ir modificando al JS, ahora mismo estoy un poco liado la verdad. Alguna idea???

no tienes que recorrer nada, ya que es un contador por categoria y cada categoria tiene su atributo fin.
en el layout incluyes el fichero js y en el template inicias el plugin con la hora de fin como parametro.

umm, que lío tenia en la cabeza, bueno al final he adaptado este, por si alguien quiere alguno de ejemplo
countdown jQuery

Hola, buenas, yo necesito tambien un contador, pero para los productos.
Lo típico del tiempo que le queda a un producto para que tenga un precio definido y una vez llega el contador a cero no se pueda comprar. Conoceis alguno????
Graciaaass!!!

Lo que necesitas es un funcionamiento como el de las ventas privadas, no?

Esta extension te muestra un countdown pero para precio especial.

http://www.magentocommerce.com/magento-connect/Mage-World/extension/4719/smart_label

...

1. List all of sale, new, bestseller, and featured products with correspondent labels on category view
2. 6 predefined label positions: bottom – left, bottom – center, bottom – right, top – left, top – center, top – right
3. Display countdown timer to display remaining time in ending up a Sale on product
4. Display all of a product’s status on product view

....

Claro, yo necesito un contador de cuanto le falta al producto para que finalize su venta al precio real o la oferta

La extension que te he puesto lo que hace es poner una cuenta atrás con el tiempo que falta para que termine el "precio especial", pero no pone el producto sin stock o lo desactiva.

Pues llevas razón, solo me había fijado en las etiquetas de ofertas y tal. Solo me quedaría saber si con esa extension puedo poner un contandor a tantos productos como quiera y en distintas categorías.
Lo del stock me dá un poco igual, porque se podría solventar poniendole que sea visible en una fecha especifíca que coincidiria con el contador.

Gracias jaalcant!!!

Les escribí un mail y me han contestado ahora mismo con que sí es posible.