Buenas,
La verdad es que el editor de estilos en magento nunca me ha funcionado bien, pese a ello, creando una segunda tienda deberías poder asignar estilos visuales diferentes (si te funciona claro).
Aun así ¿crear aunque sea una vista de tienda para cambiar dos colores?, no creo que sea muy optimizado. Si sabes que hay que tocar el css ¿te atreves a hacerlo?, pues adelante. Si no sabes como igual te puedo guiar algo, ya me dirás.

Un saludo y suerte

La verdad es que no entiendo muy bien el funcionamiento de multitienda y creo q es mas de lo que necesito, mchas gracias por contestar, ahora estoy liado con el un minimo de cantidad de precio para grupo de distribuidores, yo de php... anda bastante mal, sobre css no tengo problemas gracias, mi skype es pipisoft por si me puedes ahyudar con el php un saludo

Con respecto a tu primera pregunta, si sabes de css, hazlo por ahí.
Con respecto al php sería muy difícil guiar, sea o no por skype, y más con lo que quieres hacer, si lo he entendido bien claro. Si fuera pintar un atributo te pondría la línea que hay que añadir al phtml, pero jugar con precios es otro cantar.
Quizás podrías abrir otra tienda para los distribuidores y ponerle otros precios... dependería de que es exactamente lo que quieres ofrecer, las necesidades y gustos personales