Creo que cada caegoria tiene que ser subcategoria de la la "default category" y despues has de poner que si se incluya en la navigation menu.

¿te aparecen en el tema por defecto?
Si sí, comprueba que en los archivos del template tienes, en frontend/base/default/template/catalog/navigation/top.phtml

<?php $_menu = $this->renderCategoriesMenuHtml(0,'level-top') ?>

	<?php if($_menu): ?>

	<div class="nav-container">

	    <ul id="nav">

	        <?php echo $_menu ?>

	    </ul>

	</div>

	<?php endif ?>

y en frontend/base/default/layout/catalog.xml, alprincipio del fichero, dentro de <default>:

        <reference name="top.menu">

	            <block type="catalog/navigation" name="catalog.topnav" template="catalog/navigation/top.phtml"/>

	        </reference>

muchas gracias por la rapida respuesta..pero comento que cuando yo instale el template ya no me salia ni el menu , y ni los productos que trae la plantilla ...pero he controlado los codigos citados y estan todos correctamente .... he buscado mucho el error y no lo encuentro.

leete la guia, o instalate una tienda con los datos de ejemplo (sample data)

Buenos dias me pasa lo mismo, pero mi template no maneja top.phtml , si observas las imagenes que te anexo, puedes ver que en el menu hau opciones que no estan en las categorias BLOG y OTHERS , no esta en los bloque, donde puede estar ?? gracias