Hola de nuevo.
Hoy os voy a enseñar una forma de poder realizar pedidos desde el administrador de Magento y sin que se vea en la Web (Frontend).
Lo primero vais a app/code/code/Mage/Payment/Model/Method/ y hacéis una backup de la carpeta en app/code/local/Mage/Payment/Model/Method/ por el tema del core y esas cosas.
Ahí tenéis todas las formas de pago por defecto. Habilitáis la que queráis (yo voy a usar para el ejemplo transferencia bancaria) y os vais a las lineas siguientes:

	protected $_formBlockType = 'payment/form_banktransfer';

	protected $_infoBlockType = 'payment/info_banktransfer';

	

Debajo de estas tenéis que añadir lo siguiente:
protected $_canUseInternal = true;
protected $_canUseCheckout = false;
El resultado sería este:

	protected $_formBlockType = 'payment/form_banktransfer';

	protected $_infoBlockType = 'payment/info_banktransfer';

	protected $_canUseInternal = true; //Si esta en "true" se puede usar en el admin (Backend)

	protected $_canUseCheckout = false; //Si esta en"false" no lo veras en la Web (Frontend)

	

Ahora solo os queda activar la forma de pago modificada y ya tenéis una forma de pago para seleccionar en el panel de administración sin que se vea en la Web públicamente.